【2025年最新版】相続した不動産の売却にかかる税金を徹底解説！3つの特例を使った節税術と確定申告の完全ガイド

ご親族が亡くなられ、不動産を相続したものの「実家には住まないし、どうしよう…」とお悩みではありませんか？維持管理の手間や毎年の固定資産税を考えると、売却は有力な選択肢です。しかし、いざ売却を考えると「税金が一体いくらかかるのか」「手続きが複雑そうで不安だ」という新たな壁に直面する方は少なくありません。

この記事では、2025年10月時点の最新情報（相続登記の義務化、税制改正など）に基づき、相続不動産の売却にかかる税金のすべてを、専門用語をかみ砕いて徹底的に解説します。

譲渡所得税の基本的な計算方法から、数百万円単位で手残りが変わる可能性のある3つの節税特例、そして確定申告までの具体的な流れまで、この記事だけで理解できます。この記事を読めば、税金への漠然とした不安が解消され、損をしないための具体的な行動計画を立てられるようになります。

まずは結論！相続不動産の売却にかかる税金と節税の全体像

複雑な税金の話に入る前に、まずは全体像を掴みましょう。相続した不動産を売却する際、最も重要な税金は「譲渡所得税」です。この税金をいかに抑える（節税する）かが、手元に残るお金を最大化する鍵となります。

1. 売却で利益が出たら「譲渡所得税」がかかる

相続不動産を売却して利益（譲渡所得）が出た場合、その利益に対して所得税と住民税がかかります。これらを総称して「譲渡所得税」と呼びます。

重要なのは「売却価格」そのものではなく、あくまで「利益」に対して課税される点です。利益が出なければ、基本的にこの税金はかかりません。

2. 税額が数百万円変わることも！必ず知っておきたい3つの節税特例

相続不動産の売却には、税負担を大幅に軽減できる強力な特例が用意されています。代表的な「相続空き家の3,000万円特別控除」などを適用できるか否かで、納税額がゼロになるケースも珍しくありません。

どの特例を使えるか知っているかどうかで、手元に残るお金は大きく変わります。この記事で、あなたに最適な特例を見つけていきましょう。

3. 【一覧表】かかる税金の種類と支払うタイミングまとめ

譲渡所得税以外にも、売買契約時にかかる税金などがあります。全体像を把握しておきましょう。

税金の種類	誰が払うか	いつ払うか
印紙税	売主・買主	売買契約時
登録免許税（抵当権抹消）	売主	決済・引き渡し時
譲渡所得税（所得税・住民税）	売主	原則、売却翌年の確定申告時

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税金の基本！譲渡所得税の計算方法を3ステップで理解しよう

ここからは、税金の中心となる「譲渡所得税」の計算方法を具体的に見ていきましょう。計算式は複雑に見えますが、3つのステップに分解すれば誰でも理解できます。

1.【ステップ1】売却価格から「取得費」と「譲渡費用」を差し引く

譲渡所得（税金の対象となる利益）は、以下の式で計算します。
譲渡所得 = 売却価格 – (取得費 + 譲渡費用)

「取得費」とは、亡くなった方（被相続人）がその不動産を購入したときの代金や手数料です。「譲渡費用」は、今回の売却にかかった仲介手数料などの経費を指します。つまり、売却額そのものではなく、コストを差し引いた純粋な利益が課税対象です。

2. 取得費が不明な場合は？「概算取得費5%」のルールと注意点

親が購入したのが昔すぎて契約書がなく、取得費が分からないケースは非常に多いです。その場合、売却価格の5%を「概算取得費」として計算することが認められています。

ただし、このルールを使うと実際の取得費よりかなり低く計算され、結果として税金が高額になりがちです。購入時のパンフレットや住宅ローンの資料など、取得費の証明になるものを根気強く探しましょう。

3.【ステップ2】所有期間で税率が変わる！「長期譲渡」と「短期譲渡」の違い

算出した譲渡所得にかかる税率は、不動産の所有期間によって変わります。所有期間は、亡くなった方が取得した日から計算し、売却した年の1月1日時点で5年を超えているかどうかで判断します。

長期譲渡所得（5年超）: 税率 20.315% (所得税15.315% + 住民税5%)
短期譲渡所得（5年以下）: 税率 39.63% (所得税30.63% + 住民税9%)

相続の場合、ほとんどが長期譲渡に該当し、税率が優遇されます。

4.【ステップ3】譲渡所得に税率をかけて納税額を算出する

最後に、ステップ1で計算した譲渡所得に、ステップ2で決まった税率を掛ければ、納税額が算出されます。

納税額 = 譲渡所得 × 税率（20.315% or 39.63%）

例えば、譲渡所得が1,000万円で長期譲渡の場合、納税額は203万1,500円です。ここから、次に解説する特例を使ってさらに税金を安くしていきます。

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【最重要】相続不動産で使える3つの節税特例を徹底比較！あなたに合うのはどれ？

譲渡所得税の計算方法がわかったところで、いよいよ本題の節税特例について解説します。相続不動産の売却では、主に3つの特例が利用できる可能性があります。それぞれ適用要件が異なるため、ご自身の状況に合うものを見極めることが非常に重要です。

1.【特例①】相続した空き家なら「相続空き家の3,000万円特別控除」

相続した空き家を売却した場合に、譲渡所得から最大3,000万円を控除できる非常に強力な特例です。例えば譲渡所得が2,000万円なら、この特例で所得がゼロになり、譲渡所得税はかかりません。

主な要件は以下の通りです。

被相続人が一人暮らしだった
昭和56年5月31日以前の建築（※耐震リフォームすれば以降も可）
相続開始から3年後の年末までに売却する

2.【特例②】親と同居していたなら「居住用財産の3,000万円特別控除」

亡くなった親と同居していた相続人がその家を売却する場合、こちらの特例が使える可能性があります。これも譲渡所得から最大3,000万円を控除できる制度です。

「自分が住んでいる家」を売却することが前提の制度なので、相続後に一度も住まずに売却する場合は適用できません。親との同居期間など、細かい要件を満たす必要があります。

3.【特例③】相続税を払った人向け「取得費加算の特例」

不動産を相続した際に支払った相続税の一部を、売却時の「取得費」に加算できる特例です。取得費が増えることで課税対象の譲渡所得を圧縮し、結果的に税金を減らせます。

他の3,000万円控除とは併用できないため、どちらが有利かシミュレーションが必要です。相続税を支払っていない場合、この特例は利用できません。

4. 併用はできる？3つの特例のメリット・デメリット比較表

3つの特例は選択制で、併用はできません。それぞれの特徴を比較して、ご自身にとって最もメリットが大きいものを選びましょう。

特例の名称	メリット	主な注意点・デメリット
相続空き家控除	最大3,000万円の所得控除。節税効果が非常に大きい。	適用要件が複雑。売却期限がある。
居住用財産控除	最大3,000万円の所得控除。同居していた場合に有効。	相続後に居住する必要がある。
取得費加算の特例	相続税額に応じて確実に節税できる。	相続税を払っていないと使えない。3,000万円控除と併用不可。

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【独自ノウハウ】チャートで診断！あなたに最適な節税特例はこれだ

「自分はどの特例を使えばいいの？」と悩む方のために、簡単な診断チャートをご用意しました。YES/NOで進むだけで、最適な特例の候補がわかります。

1. 相続前の親の居住状況は？（一人暮らしか、同居か）

YES → 親と同居していた → 質問2へ
NO → 親は一人暮らしだった → 質問3へ

2. 相続後、その家に住んでいますか？

YES → 「居住用財産の3,000万円特別控除」が第一候補です！
NO → 質問3へ

3. 相続税を支払いましたか？

YES → 「取得費加算の特例」と「相続空き家の3,000万円特別控除」のどちらが有利かシミュレーションが必要です！
NO → 「相続空き家の3,000万円特別控除」が使えるか要件をチェックしましょう！

4.【診断結果】このチャートであなたに最適な特例が一目でわかる

いかがでしたか？この診断はあくまで簡易的なものです。最終的には、売却価格や取得費などを基に、税理士や専門知識のある不動産会社に相談し、最も有利な特例を選ぶことが重要です。

特に「取得費加算の特例」と「空き家控除」のどちらが得になるかはケースバイケースです。必ず専門家による正確な税額シミュレーションを依頼しましょう。

診断結果をもとに、具体的なシミュレーションをご希望の方はお電話ください。

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相続から売却・納税までの5つの手続きと流れ

税金の知識と同時に、相続発生から納税までの一連の流れを把握しておくことも大切です。やるべきことを時系列で整理し、計画的に進めていきましょう。

1. 遺産分割協議と相続人全員の同意

まず、誰が不動産を相続するのかを、相続人全員で話し合って決める「遺産分割協議」を行います。売却する場合でも、一度誰かの名義にするか共有名義にするかを決め、全員の売却同意を確認し、遺産分割協議書を作成します。

2.【2024年4月義務化】相続登記の手続きを忘れずに

2024年4月1日から、不動産の相続登記（名義変更）が義務化されました。相続を知った日から3年以内に登記をしないと、10万円以下の過料が科される可能性があります。売却の前提として必須の手続きです。

3. 不動産会社を選び、売却活動を開始する

相続登記と並行して、売却を依頼する不動産会社を選びます。複数の会社に査定を依頼し、査定価格の根拠や販売戦略、担当者の対応などを比較検討して、信頼できるパートナーを見つけましょう。

4. 売買契約の締結と決済・引き渡し

買主が見つかったら売買契約を締結し、その後、買主から売却代金の残りを受け取る「決済」と、物件の鍵などを渡す「引き渡し」を同時に行い、売却手続きは完了です。

5. 翌年の2月16日～3月15日に確定申告を行う

不動産を売却して利益が出た場合、売却した翌年の2月16日から3月15日までの間に、税務署へ確定申告を行い、納税する必要があります。特例を使って税金がゼロになる場合でも、申告自体は必要なので注意しましょう。

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税金で損しないために！相続不動産売却の3つの注意点

最後に、これまでの内容を踏まえ、相続不動産の売却で税金面で損をしないための特に重要な注意点を3つにまとめました。このポイントを押さえるだけで、手元に残るお金が大きく変わる可能性があります。

1. 親が購入した時の契約書は絶対探す！取得費の重要性

繰り返しになりますが、取得費を証明できるかは税額に直結します。「概算取得費5%」のルールに頼ると、多額の税金を支払うことになりかねません。実家のタンスや金庫、貸金庫など、思いつく限りの場所を探し、売買契約書や領収書を見つけ出しましょう。

2. 共有名義（兄弟など）で売却する場合の税金と特例の考え方

兄弟などで共有名義にして売却する場合、譲渡所得は持ち分に応じてそれぞれ計算します。3,000万円の特別控除は、要件を満たせば各共有者がそれぞれ利用できるという大きなメリットがあります。例えば、兄弟2人で共有し、2人とも空き家控除の要件を満たせば、最大で6,000万円まで控除が可能です。

3.【2024年改正対応】空き家特例の拡充ポイントと売却期限

2024年1月1日以降の売却では、相続空き家の3,000万円控除の要件が一部緩和されました。これまでは売却前に買主が耐震改修や解体を行う必要がありましたが、売却後に買主が行う場合でも適用可能になるなど、使い勝手が向上しています。

ただし「相続開始から3年後の年末まで」という売却期限は変わらないため、計画的な売却活動が重要です。

共有名義での売却など、複雑なケースもイエツグにご相談ください。

→ よくある質問で疑問を解決する

相続不動産の売却と税金に関するよくある質問（Q&A）

ここでは、相続不動産の売却と税金について、お客様から特によくいただく質問をQ&A形式でまとめました。

Q1. 売却しないで賃貸に出した場合、税金はどうなりますか？

A. 賃貸に出した場合、売却時の譲渡所得税はかかりませんが、代わりに毎年の家賃収入に対して所得税・住民税がかかります。また、将来的にその物件を売却する際には、今回解説した「空き家控除」などの特例が使えなくなる可能性が高いので注意が必要です。

Q2. 売却で損失が出た場合も確定申告は必要ですか？

A. 損失が出た場合、税金はかからないため確定申告の義務はありません。ただし、他の所得と相殺して全体の税金を安くできる「損益通算」という制度が使えるケースもあるため、念のため税務署や税理士に確認することをおすすめします。

Q3. 税金の相談は税理士にすべきですか？不動産会社でも大丈夫ですか？

A. 最終的な税務申告の代理や、個別の税務判断は税理士の独占業務です。ただし、不動産会社の中には、提携税理士と連携して税金のシミュレーションや相談に対応してくれるところも多くあります。まずは知識豊富な不動産会社に相談し、必要に応じて税理士を紹介してもらうのがスムーズです。

専門的なご質問も大歓迎です。まずはお気軽にお電話ください。